Laboratorio di Farmacogenetica

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Analisi delle Varianti Geniche (SNPs) che influenzano la risposta ai farmaci

Gene	Polimorfismo	SNP	Significato Clinico
CYP2C9	C430T	rs1799853	Warfarin
CYP2C9	A1075C	rs1057910	Warfarin
VKOR	G3730A	rs7294	Warfarin
VKOR	G1639A	rs9923231	Warfarin
CYP2C19	G681A	rs4244285	Omeprazolo
CYP2C19	W212X	rs4986893	Omeprazolo
CYP2C19	A1G	rs28399504	Omeprazolo
CYP2C19	806C>T	rs12248560	Omeprazolo
CYP2D6	g.2549delA	rs35742686	Antidepressivi
CYP2D6	g.1846 G>A	rs3892097	Antidepressivi
CYP2D6	Copy Number Variation	——————-	Antidepressivi
CYP2D6	g.1707delT	rs5030655	Antidepressivi
CYP3A4	A392G	rs2740574	Taxani
CYP3A5	6986 A>G	rs776746	Tacrolimus
DPYD	IVS14+1 G>A	rs3918290	Fluorouracile
DPYD	1679 T>G	rs55886062	Fluorouracile
DPYD	c.2846 A>T	rs67376798	Fluorouracile
TPMT	G238C	rs1800462	Azatioprina
TPMT	G460A	rs1800460	Azatioprina
TPMT	A719G	rs 1142345	Azatioprina
ABCB1 (MDR1)	G2677T	rs2032582	Chemioterapici
ABCB1 (MDR1)	C3435T	rs1045642	Chemioterapici
ABCB1 (MDR1)	C1236T	rs1128503	Chemioterapici
IL28B	C3176T	rs12979860	Interferon (Epatite C)
OPRM1	A118G	rs1799971	Analgesici
OPRM1	G172T	rs6912029	Analgesici

Tecnologia utilizzata: REAL TIME PCR-SSP, metodica di tipizzazione molecolare in cui vengono impiegate coppie di primer sequenza specifica, che riconoscono un allele o un gruppo di alleli. Con questa tecnica, per ogni campione, si eseguono contemporaneamente diverse reazioni di PCR, dove ciascuna è caratterizzata da una differente coppia di primer specifici per i singoli alleli di ciascun locus. Vengono utilizzati specifici programmi preimpostati relativi ad ogni kit impiegato per individuare l’espressione di un determinato allele. In ogni reazione di PCR è presente anche una coppia di primer per un gene ubiquitario che serve da controllo interno positivo, mentre per la validazione del test deve essere presente anche un controllo negativo per escludere contaminazioni.

Pannello Tolleranza Chemioterapici

Soggetti diversi rispondono in modo diverso allo stesso farmaco somministrato a dosi equivalenti. La ragione di ciò risiede in parte nelle differenze di assorbimento, metabolismo ed eliminazione dei farmaci tra diversi individui. Altre differenze si possono avere nelle modalità specifiche con cui il farmaco esercita il suo effetto, ad esempio vi possono essere differenze individuali del legame del farmaco con il bersaglio su cui agisce. Tali differenze sono mediate da un largo numero di enzimi, ciascuno dei quali è prodotto da uno specifico gene. Molti di questi geni sono polimorfici nella popolazione, ed alcune varianti genetiche producono enzimi con diversi livelli di attività metabolica o attività in processi che determinano l’efficacia e/o la tossicità di un certo farmaco.

La chemioterapia, indispensabile nel processo di guarigione e controllo della patologia tumorale, può causare effetti collaterali fastidiosi, la cui entità può variare da soggetto a soggetto e da trattamento e trattamento. L’attività farmacologica contro le cellule tumorali è associata quasi invariabilmente a fenomeni di tossicità nei confronti dei tessuti sani. I recenti progressi delle metodologie analitiche e il sequenziamento del genoma hanno permesso la scoperta di varianti alleliche di geni coinvolti nel metabolismo dei farmaci, nella farmacocinetica o nella farmacodinamica; queste alterazioni possono essere correlate alla chemio-sensibilità o alla tolleranza nei confronti dei farmaci.

Il kit permette il rilevamento e l’identificazione di 126 polimorfismi in 58 geni coinvolti nell’Assorbimento, nella Distribuzione, nel Metabolismo, nell’Eliminazione e nella Tossicità dei chemioterapici antitumorali, mediante Spettrometria di Massa MALDI-TOF associata alla tecnologia Single Base Extension. Tra gli altri, sono analizzati i seguenti geni: DPYD, UGT1A1, CYP2D6, CYP3A4, CYP3A5, CYP2C9, ABCB1, GSTP1, TSER, ERCC1, RRM1, XRCC1, CDA.

Le fluoropirimidine possono provocare tossicità gastrointestinale ed ematologica anche gravi riconducibili a deficit del loro metabolismo inattivante dipendente dalla diidropirimidina deidrogenasi (DPD), enzima chiave di tale processo. Il gene codificante per l’enzima DPD, DPYD, può infatti presentare polimorfismi risultanti in una ridotta attività enzimatica.

L’irinotecan può provocare grave tossicità gastrointestinale ed ematologica derivante da deficit del suo metabolismo di coniugazione con acido glucuronico dipendente dall’enzima UGT1A, soprattutto nella sua regione promoter (allele *1 wild-type [(TA)6TAA] e *28 mutato [(TA)7TAA]). Come suggerito dalle linee guida AIOM, l’analisi farmacogenetica di questi geni è raccomandabile in:

* preterapia ogni qualvolta, a giudizio dell’oncologo, il trattamento venga proposto per un paziente in cui, per le caratteristiche cliniche (comorbilità , PS, stadio di malattia) il vantaggio terapeutico in termini di sopravvivenza e/o risposta possa ipotizzarsi di limitato

impatto e/o sia elevato il rapporto rischio/beneficio.

* post-terapia nei casi di tossicità gastrointestinale di grado ≥3 e/o ematologica di grado 4, verificatisi dopo l’inizio della terapia e in tutti i casi di tossicità inattese.

L’elevato polimorfismo del gene CYP2D6 spiega, almeno in parte, la variabilità da sempre riscontrata nel risultato clinico di donne trattate con Tamoxifene. La presenza di varianti alleliche non funzionali quali la *3, *4, *5, e *6 in soggetti trattati, rende il farmaco meno attivo aumentando la probabilità di ricaduta della malattia. L’analisi genetica permette al medico oncologo di valutare preventivamente l’efficacia del tamoxifene nei pazienti, e di evitare associazioni di questo farmaco con farmaci con azione inibitoria sul Metabolismo del Tamoxifene e trasformazione nei suoi derivati attivi CYP2D6. L’analisi del polimorfismo 1578A>G del gene GSTP1 può dunque essere utile da un punto di vista clinico per individuare e selezionare quei pazienti che possono beneficiare maggiormente della chemioterapia con derivati del platino.